Les limites de cet indicateur sont celles de la stratégie de création d’aires protégées.
Tout d’abord la liste des 463 espèces n’est qu’un échantillon d’espèces et ne couvre pas toutes les espèces présentant un enjeu de conservation par les aires protégées, du fait d’un manque de connaissances disponibles sur certains groupes taxonomiques. Il manque notamment certains insectes endémiques et peu mobiles.
Ensuite, la méthode d’évaluation de la suffisance, avec des grandes catégories (exemple : aires protégées dans plus de 60 % des départements où l’espèce est présente) est assez grossière mais permet de conclure même pour des espèces où il y a relativement peu d’information.
Enfin, les évaluations réalisées s’appuient sur les données transmises par les réseaux d’aires protégées, et il est certain que des espèces sont présentes dans des aires protégées mais n’ont pas été signalées.
Une dernière limite tient au fait que la présence dans une aire protégée n’implique pas nécessairement une gestion adéquate des enjeux de conservation de l’espèce. L’indicateur se situe en amont de cette problématique, sur la question du positionnement des aires protégées.
